Single-cell spatial explorer est un logiciel qui permet d’analyser les caractéristiques cellulaires en relation avec leur position sur un tissu.
Freeware,
analyse Multimodale,
Open-source,
Single-cell,
Spatial transcriptomics,
Visualisation,
Single-Cell Spatial Explorer permet aux chercheur d’analyser les caractéristiques cellulaires en relation avec leur position sur un tissu. Ce logiciel est capable de superposer des couches d’information sur une image d’un tissu, comme l’expression des gènes, les types cellulaires et jusqu’à 29000 fonctions biologiques. Il s’agit donc d’un outil très puissant pour comprendre des mécanismes pathologiques comme la biologie du cancer par exemple.
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BMC Bioinformatics 2023 Jan 27;24(1):30.doi: 10.1186/s12859-023-05150-1.
Single-cell spatial explorer: easy exploration of spatial and multimodal transcriptomics
Frédéric Pont, Juan Pablo Cerapio, Pauline Gravelle, Laetitia Ligat, Carine Valle, Emeline Sarot, Marion Perrier, Frédéric Lopez, Camille Laurent, Jean Jacques Fournié, Marie Tosolini
Collaborations et remerciements
Ce travail a été soutenu par :
- l’Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM),
- l’Université Toulouse 3-Paul Sabatier (UPS),
- le Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) ;
- Laboratoire d’Excellence Toulouse Cancer (TOUCAN-2) sous contrat de subvention ANR11-LABX ;
- la Fondation ARC sous contrat de subvention PGA1-RF2019-0208691 ;
- l’Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole sous contrat CIEL ;
- l’Institut Carnot Lymphome sous contrat CALYM (collection).
Centre de Recherches contre le Cancer de Toulouse (Oncopole)
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🇬🇧Cytidine deaminase-dependent mitochondrial biogenesis as a potential vulnerability in pancreatic cancer cells. ImPact team @CordelierPierre article from @crctoncopole published in @CommsBio
➡️https://www.crct-inserm.fr/en/targeting-the-energy-production-process-in-pancreatic-cancer-cells-which-relies-on-an-enzyme-called-cytidine-deaminase-could-make-these-cells-more-vulnerable/
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