APPAREILS
– gÉNomique
& TRANSCRIPTOMIQUE
NextSeq 550
Le NextSeq 550 génère jusqu’à 400 millions de single-end reads/run High output ou 130 millions de single-end reads/run Mid output.
La principale application proposée est l’analyse du transcriptome (RNA-Seq) codant après sélection polyA ou total par déplétion ribosomique ou en cellule unique.
L’appareil a également les capacités pour gérer des projets de séquençage des petits ARNs (miRNAs), d’amplicon ou de panel, d’exome et de ChIP (immunoprécipitation de la chromatine). La mise en place de protocole pour ces applications se fait au fur et à mesure des demandes et des spécifications de chaque projet.
Recommandations de séquençage :
|
Etudes |
Mesures |
Taille et quantité de reads/échantillon |
Nombre d’échantillons/run |
||
|
Mid output 130Mreads |
High output 400Mreads |
||||
|
mRNA-Seq |
Transcriptome Codant |
2X75pb |
25 M |
4 |
16 |
|
Total RNA seq |
Transcriptome Codant et non codant |
2X75pb |
50 M |
2 |
8 |
Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse (Oncopole)
Toulouse – FR
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Compte officiel du Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse
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🇬🇧Cytidine deaminase-dependent mitochondrial biogenesis as a potential vulnerability in pancreatic cancer cells. ImPact team @CordelierPierre article from @crctoncopole published in @CommsBio
➡️https://www.crct-inserm.fr/en/targeting-the-energy-production-process-in-pancreatic-cancer-cells-which-relies-on-an-enzyme-called-cytidine-deaminase-could-make-these-cells-more-vulnerable/
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