QUADRatlas : La base de données des G-Quadruplex d’ARN et des proteins de liaisons aux RG4

Les G-quadruplexes d’ARN (RG4) sont des régulateurs post-transcriptionnels non canonique, associés à des maladies, de l’expression des gènes dont les fonctions sont dirigées par des protéines de liaison à l’ARN (RBP). Il est donc essentiel de pouvoir explorer la formation des RG4 à l’échelle du transcriptome et leur interaction avec les RBP pour comprendre comment ils sont régulés et les exploiter comme cibles thérapeutiques potentielles. Dans ce but, nous présentons QUADRatlas (https://rg4db.cibio.unitn.it), une base de données de RG4 expérimentale et prédite par calcul dans le transcriptome humain, enrichies de fonctions biologiques et d’associations avec des maladies. Comme les RBP sont essentielles à leur fonction, nous avons exploité les interactions connues de RG4 avec ces protéines, complétées par un vaste ensemble de données sur les sites de liaison des RBP. Les utilisateurs peuvent ainsi croiser les RG4 avec leurs régulateurs et effecteurs potentiels, ce qui permet de formuler de nouvelles hypothèses sur la régulation, la fonction et la pathogénicité des RG4. Pour soutenir cette capacité, nous fournissons des outils d’analyse pour prédire si une RBP peut se lier à RG4s, l’enrichissement en RG4s dans un ensemble de gènes, et la prédiction de novo de RG4s. L’explorateur de génomes et les tableaux permettent d’explorer, de filtrer et de télécharger rapidement les données pour des gènes individuels et par lots.

QUADRatlas constitue une avancée significative dans notre capacité à comprendre la biologie des RG4, en offrant un contenu de données inégalé et en permettant l’analyse intégrée des RG4 et de leurs interactions avec les RBP. Cet outil offrira un nouveau moyen de découvrir de nouvelles cibles de recherche.

Collaborations et remerciements

Sébastien Bourdon a été soutenu par le MENRT ; Pauline Herviou par l’ANR [ANR-17-CE12-0017-01] ; Leïla Dumas par le MENRT et le FRM [FDT202106012862] ; Erick Dassi a été soutenu par les fonds de soutien institutionnel de l’Université de Trente. Financement des frais de libre accès : Université de Trente.