LungPredict

Une collaboration à Toulouse, en France, entre l’Institut de recherche Pierre Fabre, l’Institut universitaire du cancer et le Centre de recherches sur le cancer vise à collecter et à intégrer des données pour améliorer et personnaliser les thérapies contre le cancer du poumon.

L’objectif ultime du projet LungPredict est d’évaluer et d’intégrer les données des patients pour définir des stratégies thérapeutiques personnalisées.

Entre 2019 et 2020, la phase pilote de ce projet a consisté à recruter 80 patients et à effectuer des collectes d’échantillons et des analyses moléculaires en vue d’une intégration finale par approche bioinformatique, comme une preuve de concept que tous les acteurs impliqués pouvaient collaborer efficacement à un objectif unique.

LungPredict consiste à réaliser une caractérisation moléculaire approfondie des patients atteints de cancer du poumon au moment du diagnostic, afin de leur proposer des approches thérapeutiques personnalisées. LungPredict1 a consisté à développer des protocoles logistiques, expérimentaux et bioinformatiques, en évaluant la faisabilité du projet complet.

Dans ce projet initial, 80 patients atteints de cancer du poumon non à petites cellules ont été recrutés, des prélèvements d’échantillons et des analyses moléculaires ont été effectués en vue d’une intégration finale par des approches bioinformatiques. Du sang a également été prélevé pour des analyses futures et toutes les données sont liées aux dossiers cliniques des patients.

Les données RNAseq ont été produites selon les protocoles détaillés par le Pôle Technologique du CRCT et nous avons effectué tous les traitements et analyses.

La phase initiale du projet a consisté à utiliser différentes mesures de corrélation pour estimer la reproductibilité de la quantification de l’expression génique à partir d’échantillons FFPE et congelés. Une comparaison détaillée des deux types d’échantillons a été effectuée sur 20 échantillons. Pour tous les échantillons inclus (actuellement), nous avons estimé la composition du type de cellules immunitaires sur la base de la signature d’expression génique globale. Plusieurs algorithmes et signatures de déconvolution sont disponibles dans la littérature. Les travaux de l’équipe (Delfour, Pancaldi) ont été utilisés pour choisir les méthodes les plus performantes suite à un effort de benchmarking complet.

Les données RNAseq ont été intégrées aux données cliniques, qui comprennent les caractéristiques des patients (sexe, âge, tabagisme, etc.) ainsi que les altérations génétiques pour un panel de gènes.

Enfin, les profils d’expression et les résultats de la déconvolution ont été intégrés aux données d’immuno-fluorescence Multiplex décrivant la présence de marqueurs de cellules lymphoïdes et myéloïdes sur chaque cellule et les schémas spatiaux dans la composition des types de cellules.

Dans l’ensemble, ce premier projet a permis de dresser un portrait du microenvironnement tumoral à différents stades du cancer du poumon grâce à une caractérisation multi-omique.

Les participants au projet sont :

IUCT-O, Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (CHU Toulouse, Institut Claudius Regaud Centre de Lutte Contre le Cancer) 

• Département de pathologie (Pr. P. Brousset)
• Médecine de laboratoire et oncologie génétique (Pr. G. Favre)
• Plate-forme Imag’IN

IUCT Rangueil-Larrey (CHU Toulouse)

• Département de pneumologie (Pr. J. Mazières)
• Département de chirurgie thoracique (Pr. L. Brouchet)

Institut de recherche Pierre Fabre 

CRCT , Centre de Recherche sur le Cancer de Toulouse (UMR 1037 Inserm, Université Toulouse III Paul Sabatier ; ERL 5294 CNRS) / 

• Pole technologique du CRCT
• Equipe NetB(IO)2 (Dr V. Pancaldi)

Veuillez cliquer ici pour accéder au communiqué de presse sur le site “Alliance Oncopole”.

LungPredict 2 : Dans le cadre de cette alliance entre l’entreprise, les chercheurs et les cliniciens, le projet LungPredict2 sera lancé en 2023, ciblant spécifiquement la résistance aux traitements chez les patients mutés pour l’EGFR.