VERA PANCALDI
INVESTIGATEURS ASSOCIES : FLAVIEN RAYNAL, MIGUEL madrid & hadi kabalane

Epigenomics And Chromatin Networks

Les techniques 3C (Chromosome Conformation Capture) démontrent que l’organisation de la chromatine dans le noyau cellulaire est un aspect fondamental à prendre en compte si l’on veut comprendre la régulation des phénotypes cellulaires. Notre équipe utilise les réseaux biologiques pour représenter la chromatine et comprendre comment différents facteurs épigénétiques impactent les phénotypes cellulaires (différenciation, prolifération cancéreuse, état des cellules immunitaires), qui peuvent jouer un rôle important dans la progression tumorale et la réponse aux thérapies immunitaires. 

Nous avons récemment développé 2 outils pour la communauté scientifique intéressée par l’intégration des données épigénomiques dans un contexte de structure de la chromatine.Le premier est accessible via une interface web et le deuxième à travers un package R.

Un des principaux défis demeure la compréhension de la relation entre plasticité et variabilité des phénotypes cellulaires et épigénétiques.

La relation entre l’organisation de la chromatine à l’intérieur du noyau et l’expression des gènes n’est toujours pas claire. Nous avons développé des méthodes pour intégrer des ensembles de données qui décrivent la structure du génome en termes d’interactions en 3D avec d’autres ensembles de données en utilisant la théorie des réseaux. Nous représentons le génome comme un réseau et appliquons les concepts de la théorie des réseaux pour étudier les principes d’organisation du génome en 3D. 

Madrid-Mencia et al. 2020 https://academic.oup.com/nar/article/48/8/4066/5809158?login=true

Github https://github.com/VeraPancaldiLab/GARDEN-NET

             https://github.com/VeraPancaldiLab/ChAseR_demo

Pancaldi 2021 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbinf.2021.742216/full

Chaire d’ informatique en oncologie du CRCT (Fondation Toulouse Cancer Sante, Inserm et Pierre Fabre)