Bio-informatique
LE PLATEAU
UN PLATEAU DÉDIÉ…
A l’exploitation de vos données ou de données déjà existantes jusqu’à leurs valorisations.
Le plateau vous propose d’analyser vos données avec des outils existants mais également peut développer des méthodes et outils originaux spécifiques à vos besoins.
Le plateau de bio-informatique vous accompagne dans l’exploitation de vos données ou de données déjà existantes, jusqu’à la mise en forme, la valorisation des résultats et la rédaction de publications.
Notre plateau a accès à deux super-calculateurs : GénoToul et CALMIP.
Grâce à ces partenaires, que nous remercions, nous bénéficions d’une grande puissance de calcul.
LES LANGAGES UTILISÉS…
R
Langage particulièrement adapté aux statistiques et aux représentations graphiques
PYTHON
Langage qui peut s’utiliser dans de nombreux contextes, très répandu dans le monde scientifique. Il possède une bibliothèque spécifique pour la biologie.
PERL
Le langage le plus puissant pour extraire des données texte.
Perl est utilisé en linguistique. Langage très intéressant pour automatiser les taches répétitives sous Linux.
JULIA
Langage de programmation de haut niveau et à haute performance pour le calcul numérique. Créé par le MIT en 2012, ce langage très récent approche la vitesse du C en calcul.
GO
Ce langage a été développé par Google pour remplacer le C/C++. Particulièrement performant en multithreading, ce langage produit également des programmes portables et simples à installer grâce à la cross-compilation.
Nous choisissons le langage suivant votre projet.
Ces nouveaux outils peuvent faire l’objet de publications et sont à votre disposition.
Les expertises
SINGLE CELL RNASEQ
ET SPATIALE TRANSCRIPTOMIQUE
De l’alignement des séquences jusqu’à l’analyse approfondie, nous vous accompagnons et mettons à votre disposition des outils simples pour leurs exploitations.
REPRESENTATION
GRAPHIQUE
Cartes t-SNE et UMAP, vulcano plot, box plot, violine,heatmap, radar plot, courbes de ROC, courbes de survie, etc… suivant vos besoins.
Et plein d’autres choses : N’hésitez pas à nous contacter pour plus d’information concernant notre champ d’expertise.
Les membres du plateau
Frédéric Pont
Ingénieur de laboratoire / laboratory engineer
Juan-Pablo Cerapio Arroyo
Ingénieur de laboratoire / laboratory engineer
Clémentine Decamps
Ingénieur de laboratoire / laboratory engineer
Centre de Recherches contre le Cancer de Toulouse (Oncopole)
Toulouse - FR
CRCT-Oncopole Suivre 1,433 1,279
Compte officiel du Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse
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🇬🇧Cytidine deaminase-dependent mitochondrial biogenesis as a potential vulnerability in pancreatic cancer cells. ImPact team @CordelierPierre article from @crctoncopole published in @CommsBio
➡️https://www.crct-inserm.fr/en/targeting-the-energy-production-process-in-pancreatic-cancer-cells-which-relies-on-an-enzyme-called-cytidine-deaminase-could-make-these-cells-more-vulnerable/
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+33 5 82 74 15 75
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