Analyse des ARN non codants circulaires par la technique de séquençage à longues lectures par Nanopore

Les ARN circulaires (circARN) sont une classe d’ARN régulateurs de forme circulaire qui jouent un rôle important dans la régulation de l’expression des gènes. Cela a des implications importantes dans différentes maladies, comme le cancer. L’expression d’un circARN peut être analysée au niveau global d’une cellule en utilisant le séquençage à haut débit, comme la plateforme Illumina. Le problème est que cette technique ne produit que de courts fragments et ne permet pas de révéler la séquence complète d’un circARN. Or, cela est important pour étudier sa fonction. Les techniques de séquençage séquençage à longues lectures par nanopore récemment apparues, comme Oxford Nanopore, offrent un grand potentiel pour obtenir ces informations manquantes. Nous avons adapté un protocole pour séquencer les circARN par la technique Oxford Nanopore et l’avons testé sur 4 différentes lignées cellulaires de lymphome anaplasique à grandes cellules. Nous avons ainsi identifié des milliers de circARN différents, dont plus de 99% sont séquencés sur toutes leur longueur. Certains candidats ont été validés in vitro. Dans l’ensemble, ce protocole permet une analyse fiable de la longueur totale des circARN, un type d’ARN non codant impliqué dans un nombre croissant de conditions physiologiques et pathologiques.

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Collaborations et remerciements

Collaborateurs :

• INRAE Toulouse, Dr. Christine Gaspin

 Financeurs :

• Association Eva pour la Vie,
• Grandir Sans Cancer,
• La ligue contre le cancer (Equipes Labeliseé 2017-2021),
• TOUCAN/Laboratoire d’excellence Toulouse Cancer