GENOMIQUE & TRANSCRIPTOMIQUE
L’EXPERTISE
UN PLATEAU DÉDIÉ…
– A la détection des séquences nucléiques et de leur expression par des techniques de haut, moyen et bas débits,
– A la quantification, par la technologie PEA (Proximity Extension Assay), de 92 biomarqueurs protéiques circulants.
NOS MISSIONS…
Formation et assistance sur les appareils en libre accès (qPCR, électrophorèse microcapillaire automatisée, dosage fluorimétrique).
Réalisation de projets/prestations techniques allant du contrôle qualité d’échantillon à la production de données de moyen et haut débit : micropuces, nanostring, librairies NGS, single cell, immuno-essai multiplexe.
Contact : geno-transcripto.crct@inserm.fr
Les Appareils disponibles
Contrôles quantitatif et qualitatif des acides nucléiques
ClarioStar LVis (BMG Labtech)
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Plaque de dosage spectral en micro-volume (2µL) pour 16 échantillons en simultané.
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- En libre accès, sur réservation GRR. Pas de tarification.
Qubit 4.0 (ThermoFisher Scientific)
Dosage fluorimétrique à partir de kits dédiés sur 1-20µL d’échantillons.
Quatre kits sont disponibles sur le plateau : dsDNA Broad Range (4-1000ng), dsDNA High Sensitivity (0.2-100ng), RNA Broad Range (20-1000ng), RNA High Sensitivity (5-100ng). D’autres kits sont disponibles chez le fournisseur.
Appareil en libre accès après renseignement, sur réservation GRR.
PCR QUANTITATIVE
Fragment Analyzer (Agilent)
Electrophorèse micro-capillaire automatisée pour le contrôle de 11-12 échantillons en simultané. L’appareil permet une prise en charge automatisée jusqu’à 288 échantillons (3 plaques 96 puits).
Le plateau dispose de différents kits couvrant les applications de contrôle qualité des ARN (2µL à 50-5000pg/µL), des librairies NGS (2µL à 50-5000pg/µL) ou la détermination de taille de fragments d’ADN/PCR (idéal pour le génotypage de lignées). D’autres kits sont disponibles chez le fournisseur.
Appareil proposé en prestation de service ou en libre accès après formation obligatoire et sur réservation GRR. Tarification dépendante du kit utilisé, disponible sur demande.
PCR QUANTITATIVE
Le plateau dispose de trois appareils de qPCR (Applied Biosystems, Life Technologies) : deux StepOne Plus (96 puits) et un QuantStudio5 (384 puits).
Les blocs fonctionnent avec des chimies standards ou fast. Les fluorochromes suivants peuvent être utilisés : FAM™/SYBR® Green/EvaGreen, VIC®/JOE™, NED™/TAMRA™, et ROX™.
Les blocs 96 puits permettent des optimisations de température d’hybridation d’amorces grâce au système Veriflex.
La bonne compatibilité des plastiques et des chimies doit être vérifiée par l’utilisateur avant chaque utilisation.
Appareils en libre accès, réservation GRR. Tarification disponible sur demande.
EGALEMENT A VOTRE DISPOSITION
nCounter Analysis System
Analyse en panel de l’expression des gènes par quantification directe (Nanostring Technologies).
Cette technologie permet principalement la quantification directe de l’expression génique jusqu’à 800 cibles, sans amplification. C’est un intermédiaire entre la qPCR et les puces Transcriptomes ou le séquençage NGS. Elle présente l’avantage de fonctionner sur ARN dégradés…
Single cell Chromium X
Isolement de cellules uniques pour l’analyse de l’expression des gènes en séquençage NGS (10X Genomics)
Cette technologie permet de capturer de 500 à 10000 cellules/échantillon frais, fixés ou FFPE et d’analyser leur expression génique individuelle…
ISCAN
Le plateau possède un scanner de puce de haute performance, l’iScan d’Illumina (www.illumina.com).
Ce scanner propose deux types d’application…
SEQUENCAGE NGS
Le plateau possède deux séquenceurs : un NextSeq 550 et un NovaSeq 6000 d’Illumina (www.illumina.com).
L’accès à ces technologies se fait par prestation de projet et devis spécifique.
SIGNATURE Q100
Le plateau possède le Signature Q100 (Olink) qui permet la quantification de 92 biomarqueurs protéiques ciblés (immuno-essai multiplexe, technologie Proximity Extension Assay ou PEA) dans des matrices telles que le sérum ou le plasma (1µl), lysat cellulaire…
MODALITÉS &
RÉGLEMENT INTÉRIEUR
L’utilisation des appareils en libre accès implique la réservation préalable et obligatoire de créneaux horaires spécifiques via l’interface GRR
(accessible par l’identifiant inserm). En cas de difficulté, merci de contacter le personnel du plateau.
La tarification de l’utilisation des appareils en libre accès est disponible sur demande.
La prise en charge d’un projet fait l’objet d’une planification préalable et d’un devis spécifique adapté. L’établissement d’un devis ne peut se faire qu’après discussion et présentation du projet par le client afin de s’adapter au mieux aux besoins.
Nous sommes également disponibles pour l’élaboration de demandes financières. Pour toute consultation ou planification de projet, merci de prendre contact avec le personnel du plateau.
Tout nouvel utilisateur devra avoir lu le règlement intérieur du Plateau de Génomique et Transcriptomique et retourné la fiche de renseignements.
Les membres du plateau
Carine Valle
Ingénieur de laboratoire / laboratory engineer
Emeline Sarot
Ingénieur de laboratoire / laboratory engineer
Nathalie Saint-Laurent
Ingénieur de laboratoire / laboratory engineer
Centre de Recherches contre le Cancer de Toulouse (Oncopole)
Toulouse - FR
CRCT-Oncopole Suivre 1,433 1,279
Compte officiel du Centre de Recherches en Cancérologie de Toulouse
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🇬🇧Cytidine deaminase-dependent mitochondrial biogenesis as a potential vulnerability in pancreatic cancer cells. ImPact team @CordelierPierre article from @crctoncopole published in @CommsBio
➡️https://www.crct-inserm.fr/en/targeting-the-energy-production-process-in-pancreatic-cancer-cells-which-relies-on-an-enzyme-called-cytidine-deaminase-could-make-these-cells-more-vulnerable/
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+33 5 82 74 15 75
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